公元323年晋元帝司马睿病死，太子司马绍继位，这就是晋明帝。
司马绍从小聪明伶俐，思维敏捷。父亲司马睿十分宠爱他，上朝时经常让他坐在自己身边。有一天，司马睿问他：“太阳与长安相比，哪个离京都更近呢？”司马绍回答道：“当然是长安离京都近了。”司马睿问：“为什么这么说呢？”司马绍眨着一双炯炯有神的大眼睛，机灵而调皮地回答道：“从古到今，从没有听说有人从日边来，而今却有使者从长安来了呀。”晋元帝听完十分高兴。对几个大臣说起这事，大臣们也都感到回答得巧妙。于是，意犹未尽的元帝决定第二天宴请百官，借机展示儿子的才华。
第二天，百官齐集。席间，元帝又故意当着百官的面旧话重提：“孩儿呀，你说太阳和长安哪个离京都更近呢？”大臣们伸长耳朵静静地听着。只听小皇子响亮地答道：“当然是太阳离京都近了。”几个昨天听说此事的大臣都吃惊地瞪大眼睛，偷偷看着元帝的脸。只见元帝脸上的笑容消失了，他神情恼怒地问司马绍：“你为什么要这样说呢？”“因为我们现在抬头就能看见金光闪闪的太阳，却无法看到长安。”司马绍从容地答道。
司马睿非常满意，大臣们也都非常赞赏。晋明帝即位后，不满意王敦的专横，便一步步地做准备工作，起用郗鉴为尚书令，作为依靠力量，和郗鉴秘密策划灭掉王敦。
王敦早就对司马绍不满意，当年司马睿立司马绍为太子时，他就坚决反对，没有成功。后来王敦发动兵变，还想找个借口杀掉太子司马绍，大家一致反对，才没有做成。现在司马绍当了皇帝，王敦更不放心，心想干脆灭掉晋国，自己当皇帝，便和自己的死党沈充、钱凤等人商量起兵。因为姑熟到建康很近，所以王敦从武昌移到姑熟镇守，实际上也是为将来再次发动兵变打下基础。
晋明帝也知道了王敦的阴谋，准备立即发兵，但对王敦兵营情形不清楚，便改换了服装，只带几个随从，偷偷地到王敦大营中来侦察军事部署情况。王敦正在营中午睡，忽听有人报告说：“有几个人骑着马在营垒中走来走去。”并描述了其中一个领头的相貌。王敦大惊说：“这一定是司马绍，快追！”当王敦的五匹马追出去后，司马绍已经无影踪了。传说司马绍逃走时，见路旁有一个卖烧饼的老太太，便把自己的一根镶着七色宝石的马鞭送给她，说如果有骑兵追来，就把这根马鞭拿给他们看，又让士兵们用冷水把马刚拉下来的粪便泼湿。当追兵来到路口时，问卖烧饼的老太太有没有人刚从这里逃走，老太太拿出马鞭来，五个骑兵见马鞭非常漂亮，拿过来你看看，我看看，耽误了很长时间，再看路旁的马粪已经冷透了，认为人已经逃远了，便不再去追。
王敦在积极准备起兵的时候，忽然得了病，而且病势一天天地沉重起来，钱凤问起兵应该采取什么办法，王敦因为病重，失去了信心，便说出了三种选择：“第一，如果我病死的话，你们大家将军队解散，归降朝廷，保全性命，这是上计；第二，退驻武昌，按时向朝廷进贡，拥兵自保，这是中计；第三，乘我还活着，发兵顺江而下，说不定能取胜，但假如兵败而死，那这就是下计了。”钱凤和同伙们商量王敦提的三计，认为王敦的三计中，第三个计是上计，应该立即发兵东下，凭自己庞大的军事实力，一定能胜。大家都同意钱凤的意见，钱凤便发信给沈充，约定同时起兵。
这时，晋明帝司马绍也做好了准备工作。他任命王导为大都督，丹阳尹温峤为中垒将军，与右将军卞敦共守石头城，以光禄勋应詹为护军将军，总督朱雀桥南诸军事，以郗鉴行卫将军督从驾诸军事，以庚亮领左卫将军，卞壶行中军将军，又调兖州刺史刘遐、临淮太守苏峻、徐州刺史王邃、豫州刺史祖约等进京护卫，正式发诏讨伐王敦。
王敦一面给朝廷上表，要求除掉温峤，想再重演过去讨伐刘隗的故事，一面命堂兄王含为主帅，与钱凤、邓岳、周抚等人率领水陆大兵五万，向秦淮河南岸进攻，被苏峻、刘遐的大兵打败。王敦在重病中听说王含兵败，大骂这个堂兄不中用，准备自己带病出任主帅，还没起来，便倒下去死了。
王敦一死，晋军大振，沈充、钱凤接连战败，在战斗中被杀，王含、王应父子二人逃到荆州投奔荆州刺史王舒。王舒虽然也是王氏家族人，但他不支持王敦，当王含父子俩来到荆州时，王舒将王含、王应沉到江中淹死。到这时，王敦的叛乱终于被彻底平定了。
司马绍次年因病而死，年仅二十七岁。司马绍是东晋历史上能力出众的皇帝之一，若不是少年早夭，肯定会有一番作为。